マクロスシリーズ20周年記念作品として製作されたOVA。シリーズ第1作の『超時空要塞マクロス』の前史が描かれている。現実と第1作の年代が近づいたこともあり、作中では現実世界で運用される戦闘機が多数登場。可変戦闘機は、全て3DCG表現されるというシリーズ初の手法が導入された。
　統合戦争末期の2008年、統合軍パイロットの工藤シンは、反統合同盟軍の可変戦闘機SV-51と交戦。乗機を撃墜されたシンはマヤン島に漂着する。そこで彼は島の巫女サラ・ノームと出会う。一方、統合軍と反統合同盟軍は、マヤン島にそれぞれ部隊を派遣。両軍の目的は、宇宙から落下してきた超巨大戦艦・マクロスと同様の反応を示す物体の回収であった。接触した両軍は島で戦闘を開始するが、その時、島の伝説にある“鳥の人”が目覚め……。