『ガンダム』を生み出したサンライズと、人気漫画家集団ＣＬＡＭＰのコラボレート作品。超大国ブリタニア帝国に占領された日本は「エリア１１」と名付けられ、日本人は「イレヴン」と呼ばれていた……。ひとりめの主人公は、「黒の皇子」ことルルーシュ。ブリタニア帝国の皇子だが、今は素性を隠し、エリア１１の私立高校アッシュフォード学園に通う。「ギアス」の力を得て、目的のためなら手段を選ばず、ブリタニア帝国に革命を起こそうとする。もうひとりの主人公は、「白の皇子」ことスザク。イレヴンだが、名誉ブリタニア人としてブリタニア帝国軍に参加している。ブリタニア帝国を壊そうとするルルーシュとは違い、正義を志し、内部からの改革を進めるべきだという考えを持っている。親友の２人が普段は学生生活を送る一方で、ルルーシュは外から、スザクは内からブリタニアを変えるため行動する。