東京西部の大部分を占め、総人口のおよそ八割が学生の『学園都市』。そこは、住民である生徒達の超能力を開発する、特殊なカリキュラムが存在する街だった。そんな学園都市で暮らす高校生・上条当麻は、落第寸前の無能力者。当然評価はレベル０。ところが、彼の右手には、あらゆる異能の力を打ち消す謎の力が宿っていたのだ。しかし、この力のせいで“神のご加護”まで打ち消してしまい、当麻は常に不幸な人生を送っていた。しかし夏休みのある日、ひとり暮らしの当麻の部屋に、いきなり空から純白のシスターが降ってきた。少女は言う。自分は“魔術”の世界から逃げてきた──と。そしてこの事件をきっかけに、超能力と魔術、ふたつの異能が交差する凄惨な世界へ、当麻は足を踏み入れるのだった――。